El programa de manejo de animales domésticos y salud de la fauna en la TCO Tacana se desarrolla desde el año 2005, con el apoyo del equipo de veterinarios de WCS y la coordinación del Consejo del Pueblo Indígena Tacana (CIPTA). El programa se inició con la elaboración de diagnósticos participativos de los problemas de salud y manejo de los animales domésticos en tres comunidades y la formulación participativa de una estrategia para hacer frente a estos problemas. Se definió como prioridades generar capacidades de manejo sanitario de los animales, identificar y monitorear las enfermedades, implementar botiquines veterinarios comunales y promover alternativas de manejo ganadero. El objetivo principal de la estrategia es prevenir enfermedades transmisibles entre animales domésticos, animales silvestres y seres humanos, desarrollando métodos apropiados de crianza de animales domésticos para asegurar fuentes de proteína animal (en calidad y cantidad) a las comunidades y reducir la presión de la cacería sobre la fauna silvestre.
En cinco años de ejecución de la estrategia, el número de comunidades involucradas en el programa de salud animal pasó de tres a 12, llegándose a capacitar a 44 promotores comunales en sanidad y manejo de animales domésticos (SAMAD), cuyas funciones son atender temas sanitarios básicos en sus comunidades, manejar botiquines veterinarios, colectar muestras y aplicar tratamientos simples, como la administración de antibióticos y la desparasitación. Los promotores comunales SAMAD se constituyen en los sensores de la red de vigilancia epidemiológica en la TCO Tacana, siendo los encargados de registrar los eventos sanitarios ocurridos en sus comunidades y de reportarlos periódicamente a los veterinarios de WCS. Para que esta información contribuya a mejorar la atención sanitaria en la región, los informes de muestreos no solamente se comparten entre CIPTA y las comunidades, sino también con SENASAG (Servicio Nacional de Sanidad Agropecuaria e Inocuidad Alimentaria) para fortalecer su rol como autoridad nacional de sanidad animal en el cuidado de la salud del ecosistema en la región.
Para conocer con mayor precisión el tipo de enfermedades que afectan a las especies de animales que se crían en la zona, se realizaron muestreos serológicos y parasitológicos anuales. Entre 2005 y 2009, se logró determinar la presencia de 27 diferentes patógenos en 1.029 animales domésticos, en 15 comunidades Tacanas, detectándose la presencia de 16 tipos de patógenos (seis en pollos, cuatro en cerdos, seis en vacunos y dos en perros) que en otros países han sido reportados como enfermedades que pueden transmitirse entre animales silvestres y domésticos. Del mismo modo, se detectó la presencia de algunos patógenos que son considerados zoonóticos, como ser Balantidium spp., Ascaris spp. Leptospira spp. y el agente causal de la cisticercosis.
La asistencia técnica oportuna en el tratamiento de enfermedades infecciosas, mediante la contratación de un médico veterinario con base en la localidad de Tumupasa, el establecimiento de botiquines veterinarios comunales y la realización de tres campañas de desparasitación en 15 de las 19 comunidades de la TCO Tacana, involucrando a más de 300 familias y 1.400 animales domésticos, han contribuido a reducir la presencia de enfermedades que producen pérdidas en los productores y que pueden ser transmitidas desde los animales domésticos a los animales silvestres y las personas.
Recientemente, se han iniciado trabajos de diagnóstico de enfermedades en las comunidades tsimane-mosetenes de Asunción de Quiquibey y San Luis Chico, ubicadas en la Reserva de la Biosfera y Tierra Comunitaria de Origen Pilón Lajas. Entre 2010 y 2011 se obtuvieron muestras biológicas de los animales domésticos para establecer una línea base de salud y monitorear el estado sanitario de los animales. Los resultados muestran la presencia de enfermedades infecciones en las aves de traspatio, varias de ellas podrían eventualmente se transmitidas a aves silvestres.