El cóndor (Vultur gryphus) en su inmensa majestad simboliza la grandeza de los Andes, es la única especie de la fauna silvestre representada en el escudo nacional de Bolivia. Tiene una profunda significación cultural para los pueblos andinos que habitan en las tierras altas, sin embargo, se encuentra amenazado a nivel continental, particularmente en la parte norte de su distribución.
WCS ha centrado sus esfuerzos en la recopilación de información sobre la distribución de la especie y la ubicación de sus nidos en las montañas de Apolobamba, a través de observaciones directas por biólogos bolivianos y de la aplicación de entrevistas a guardaparques y comunidades locales. Esta información junto con la del censo de cóndores, obtenida utilizando un equipo de fotometría (telescopio, cámara digital y adaptador) para su reconocimiento individual, ha permitido determinar que las montañas de Apolobamba, dentro delas áreas protegidas de Apolobamba y Madidi, albergan una población significativa de la especie y representan a nivel regional un baluarte para su conservación. Sin embargo, es importante tomar en cuenta que el número de cóndores allí registrado es relativamente bajo: entre 80 y 150 individuos. Esto plantea la necesidad de realizar estudios sobre los patrones de movimiento dela especie y el tamaño de sus áreas de acción, para definir con mayor precisión la escala que se requiere para asegurar su conservación en la región. Si bien los cóndores ocupan amplios espacios geográficos, hasta el momento no se cuenta con información que permita determinar con exactitud su extensión, lo cual es sorprendente dada la importancia cultural de la especie.
El cóndor ha sido desafortunadamente objeto de persecución por considerárselo responsable de la pérdida de ganado doméstico, y ha sido asimismo víctima del veneno destinado a otras especies, como el zorro andino. En la práctica, la depredación de ganado que se le atribuye al cóndores poco significativa, por lo que es importante realizar actividades informativas y de prevención de daños al ganado. En este sentido, WCS ha trabajado con comunidades del área protegida de Apolobamba, utilizando medidas de mitigación no letales: registro de datos y protección del ganado, dirigidas a varias especies de la vida silvestre.