El Programa de Conservación del Gran Paisaje Madidi-Tambopata, que WCS ejecuta desde 1999, centra sus esfuerzos en la conservación de especies icónicas y amenazadas, buscando compatibilizar las necesidades de desarrollo humano con las necesidades de la vida silvestre. El programa se orienta a fortalecer la vinculación de las áreas protegidas con otras unidades de gestión territorial (comunidades, territorios indígenas, municipios), apoyando los procesos de planificación integrada y el desarrollo de capacidades de gestión territorial y de manejo de recursos naturales.
El Gran Paisaje Madidi-Tambopata se ubica al noroeste de Bolivia y al sudeste del Perú, en el flanco oriental de la cordillera andina, abarcando una superficie de 110.000 km2. Se caracteriza por su gran variedad altitudinal (entre 180 y 6.100 m.s.n.m.), topográfica y climática, lo que ha dado lugar a la existencia de una diversidad de plantas y animales y a un alto número de especies endémicas. Se estima la presencia de 12.000 especies de plantas vasculares, 1.100 especies de aves (el 11% de todas las aves del planeta) y cerca de 300 especies de mamíferos. Asimismo, el paisaje contiene ecosistemas singulares y de importancia para la conservación a nivel continental, destacando los bosquecillos de Polylepis spp., los bosques montanos secos de los ríos Tuichi y Machariapo y el mejor ejemplo de sabanas prístinas de Sudamérica, en la frontera entre Bolivia y Perú.
En los Andes tropicales se establecieron históricamente diversos grupos culturales, entre ellos los pueblos Leco, Tacana, Araona, Esse Ejja, Tsimane y Mosetene. En las zonas de la puna y los valles se asentaron pueblos de habla quechua y aymara, constituyéndose esta región en un espacio de intercambio cultural y económico desde la época prehispánica. Actualmente, una parte importante de su población, que asciende a 260 mil habitantes (en los sectores de Bolivia y Perú), vive en las zonas rurales. Su principal actividad económica es la agricultura que combinan con la crianza de animales y el aprovechamiento de recursos de la biodiversidad (madera, castaña, incienso, frutos de palmeras, carne de monte, pesca).
Por su importancia para la conservación, los gobiernos de Bolivia y Perú crearon áreas protegidas sobresalientes en biodiversidad y que se encuentran en muy buen estado de conservación: Madidi, Pilón Lajas, Apolobamba e Ixiamas (en Bolivia) y Bahuaja Sonene y Tambopata (en Perú). En conjunto estas áreas protegidas abarcan una extensión de 4.168.385 hectáreas. Complementan estos valores y fortalecen la planificación integral a nivel paisaje los territorios indígenas que se superponen parcial o totalmente con las áreas protegidas: Pilón Lajas, Tacana I y Tacana II, Lecos de Apolo y Lecos de Larecaja, Mosetenes y Marka Cololo Copacabana Antaquilla. Al ser asimismo una zona de conservación transfronteriza, su importancia para la conservación se incrementa, contribuyendo a la conectividad de los ecosistemas y a la coordinación de esfuerzos de conservación a nivel binacional.