El componente de Medicina Veterinaria para la Conservación de WCS en Bolivia está dirigido a promover la conservación de la biodiversidad mediante prácticas de manejo y sanidad animal, tanto en animales domésticos como silvestres. El objetivo final es tratar el tema de la salud de manera integral, asegurando el equilibrio de los ecosistemas y el bienestar de las personas y de los animales silvestres y domésticos. Con esta finalidad, se han realizado diagnósticos de enfermedades y campañas de desparasitación, evaluaciones y actividades de mitigación de pérdidas de ganado por depredación y formación de promotores comunales.
Desde 2005 a 2009, WCS y varias comunidades del área protegida de Apolobamba realizaron actividades de evaluación y mitigación de eventos de depredación del ganado doméstico por la fauna silvestre, contribuyendo a la recuperación de técnicas tradicionales no letales, como el uso de ponchillos y campanillas en los animales y la realización de chakus. Se logró reducir la pérdida de animales de 4,1 cabezas por familia, en 2005, a 1,4 en 2008. Asimismo, el monitoreo de enfermedades en el ganado, la difusión de medidas de prevención y la atención oportuna realizada por 220 familias, han dado como resultado la disminución de pérdidas de ganado por enfermedades de 10,4 cabezas por familia, en 2004, a 2,4 cabezas, en 2007.
Por otra parte, entre 2005 y 2010, WCS, en trabajo conjunto con comunidades de la TCO Tacana I y de Pilón Lajas, llevó a cabo varias campañas de monitoreo de enfermedades de animales domésticos (bovinos, equinos, porcinos, caninos y aves), identificándose patógenos virales y bacterianos y endoparásitos (zoonóticos y no zoonóticos). La formación de promotores veterinarios y la creación de una red de vigilancia epidemiológica en la TCO Tacana, contribuyeron al desarrollo de métodos preventivos y curativos, reduciendo los riesgos de transmisión de algunas enfermedades a las personas y animales silvestres. De igual manera, se realizó el monitoreo de enfermedades en animales silvestres que son cazados por las comunidades indígenas: chancho de tropa (Tayassu pecari), taitetú (Tayassu tajacu), anta (Tapirus terrestres), jochi (Agouti paca), ciervo (Blastocerus dichotomus), manechi (Alouatta sara), pejiche (Priodontes maximus), tejón (Nasua nasua), capibara (Hydrochaeris hydrochaeris), lagarto (Caiman yacare) y tortuga (Podocnemis unifilis). Este diagnóstico permitió identificar parásitos que no habían sido anteriormente reportados en la fauna silvestre boliviana, y analizar la exposición de los animales a algunas enfermedades, como brucelosis y parvovirus.
Como parte de las actividades de cooperación interinstitucional, desde 2004, WCS ha brindado apoyo a Biota en el monitoreo anual de enfermedades en flamencos altonadinos de la laguna Colorada, en la Reserva Nacional de Fauna Andina Eduardo Avaroa. Los resultados muestran que no se presentaron casos de Newcastle ni de Influencia Aviar, aunque en algunos casos se detectaron anticuerpos para Anemia Infecciosa Aviar, Síndrome de Baja Postura, Síndrome de Cabeza Hinchada y Bronquitis Infecciosa.