El jaguar (Panthera onca) es el felino más grande de América y el tercero de mayor tamaño en el mundo. Su hábitat preferido se encuentra en zonas de bosques y sabanas tropicales, por debajo de los 2000 metros de altura. Se alimenta sobre todo de mamíferos grandes y medianos, su rol como predador dentro de la cadena alimenticia ayuda a regular las poblaciones de las especies de las cuales se alimenta y a mantener el vigor de las mismas, eliminando ejemplares viejos y enfermos y evitando la diseminación de enfermedades.
Debido a que la abundancia del jaguar es naturalmente baja, el conocimiento de su biología y ecología es una acción prioritaria para asegurar su conservación a largo plazo. Desde 2001 a la fecha, WCS ha realizado diversas investigaciones sobre su distribución, densidad, hábitos alimenticios y patrones de actividad, a través de la utilización de trampas cámara en playas y bosques próximos a los ríos Tuichi, Hondo, Quendeque, Madidi y Heath, en el Parque Nacional Madidi, y en los arroyos de Undumo y Tequeje, en la TCO Takana en Bolivia. Entre 2001 y 2009, se establecieron en estas zonas 535 estaciones de trampas cámara, abarcando una superficie de 3.268,33 km2, lo que permitió estimar densidades que fluctúan entre 0,95 y 5,08 ind/100 km2, confirmando la rareza de la especie y la necesidad de planificar acciones de conservación a nivel paisaje. Según las investigaciones realizadas, los jaguares que habitan los bosques amazónicos tienen una mayor actividad durante el día, frecuentando las orillas de los ríos y otros depósitos de agua dulce; si bien en la noche su actividad disminuye también permanecen activos en estas horas. Estimaciones de los movimientos del jaguar entre estaciones de trampas cámara dan como resultado recorridos de hasta 13,71 km. de distancia.
En 2007, en coordinación con la Universidad Cayetano Heredia del Perú, WCS realizó una evaluación de jaguares en el Parque Nacional Bahuaja-Sonene y en la Reserva Nacional Tambopata, área colindante con el Parque Nacional Madidi. Se establecieron un total de 118 estaciones, cubriendo una superficie de 271,73 km2. Se obtuvieron un total de 28 fotos de jaguares, identificándose la presencia de 9 individuos y estimándose una densidad de 3,03 ind./100 km2. En un reciente estudio sobre la dieta del jaguar en los valles bajos de los ríos Tuichi, Hondo y Quiquibey, dentro de las áreas protegidas de Madidi y Pilón Lajas, los resultados indican que las principales presas consumidas por el jaguar son el tropero (Tayassu pecari) y el taitetú (Pecari tajacu). Del total de fecas colectadas, se reportaron un número de 19 especies de mamíferos y un reptil, observándose que la mayor frecuencia de ocurrencia correspondió al tropero (Tayassu pecari), taitetú (Pecari tajacu), jochi colorado (Dasyprocta punctata), huaso (Mazama americana) y jochi pintado (Cuniculus paca). En cuanto a la biomasa relativa consumida, el mayor aporte provino del tropero (Tayassu pecari), taitetú (Pecari tajacu) y tapir (Tapirus terrestris).