Los pueblos indígenas, entre ellos tacanas, araonas, esse ejjas, t´simanes, mosetenes y lecos, han mantenido tradiciones de uso del espacio y de manejo de recursos naturales que son compatibles con los objetivos de conservación de la biodiversidad, por lo que existen coincidencias importantes con las áreas protegidas en el mantenimiento de cuencas, provisión de fauna, conservación de áreas para la recolección y extracción de recursos forestales, protección y valoración del patrimonio cultural.
En el norte de La Paz, se encuentran establecidos territorios indígenas relacionados con las áreas protegidas de Madidi, Pilón Lajas y Apolobamba, complementando valores naturales e incrementando las posibilidades de conservación y desarrollo sostenible. Cuatro de los territorios están parcial o totalmente superpuestos con el PNANMI Madidi (San José de Uchupiamonas, Tacana I, Lecos Apolo y Lecos Larecaja), y dos de ellos se ubican en su zona de amortiguación (Tacana II y Araona). La Reserva de la Biosfera y Tierra Comunitaria de Origen Pilón Lajas es un área de doble condición: territorio indígena y área protegida; en su límite oeste colinda con el territorio indígena Moseten. La TCO Marca Cololo Copacabana Antaquilla se superpone íntegramente con Apolobamba, y un sector de las TCO Lecos Larecaja y Lecos Apolo también se ubica dentro del área. En su zona de amortiguación externa, se encuentra el territorio indígena Marca Qamata.
WCS contribuyó al desarrollo de experiencias valiosas de gestión territorial por las organizaciones indígenas, que incluyen procesos de planificación técnica y espacial de los territorios, de gestión compartida de áreas protegidas y de ejecución de proyectos de manejo de recursos naturales. Se desarrollaron metodologías participativas para la realización de diagnósticos comunales, el ordenamiento concertado del territorio, la planificación de las actividades y la elaboración de normas de acceso, uso y aprovechamiento de los recursos naturales.
El número de hectáreas de tierras comunitarias de origen del paisaje que cuentan con estrategias de desarrollo sostenible y planes de vida es de 2.096.874:
- Estrategia de desarrollo sostenible de la TCO Tacana I, con 633.983 ha (CIPTA).
- Estrategia de desarrollo sostenible de la TCO Tacana II, con 342.931 ha (CIPTA).
- Plan de Vida del Pueblo Leco de Apolo, con 502.118 ha (CIPLA).
- Plan de Vida del Pueblo Leco de Larecaja, con 192.005 ha (PILCOL).
- Plan de Manejo y Plan de Vida de la RBTCO Pilón Lajas, con 385.850 ha (SERNAP y CRTM).
- Plan de Vida o Plan de Gestión Territorial de la Marka Cololo Copacabana Antaquilla, con 39.987 ha.
De manera simultánea, y en el marco de legislación vigente, WCS apoyó la participación de las organizaciones indígenas en el proceso de saneamiento de sus territorios, contribuyendo a la consolidación legal de 716.241 hectáreas a favor de los territorios indígenas y comunidades de la TCO Tacana I, Lecos Larecaja y Lecos Apolo.