Entre 2004 y 2006 se llevó a cabo la actualización del plan de manejo de la Reserva, coordinado técnicamente por WCS, y que fue aprobado en 2008 mediante Resolución Ministerial Nº 332. Su elaboración contribuyó a fortalecer el rol del Consejo Regional T’simane Mosetene (CRTM) en la gestión de la Reserva. El plan de manejo recoge la visión de las comunidades indígenas y sienta las bases de la gestión compartida del área entre el CRTM y el SERNAP.
El proceso de planificación involucró a las comunidades indígenas de la Reserva y a las comunidades colonas asentadas a lo largo de la carretera Yucumo-Rurrenabaque, en el límite noreste del área. La metodología desarrollada incluyó un conjunto de técnicas para facilitar a las comunidades la recopilación y análisis de la información (mapeo comunal, georreferenciación de sitios, matriz de uso de los recursos naturales, calendario de actividades). También contribuyó a la capacitación de promotores locales en la planificación y elaboración de autodiagnósticos y mapas de usos comunales. Asimismo, se realizaron autodiagnósticos en los municipios vinculados con la Reserva (Rurrenabaque y San Borja).
Los esfuerzos de implementación del Plan de Manejo y Plan de Vida de Pilón Lajas se orientan a fortalecer la participación de las comunidades en la protección del área y en la ejecución de proyectos de manejo de recursos naturales. WCS brindó apoyo en la realización de patrullajes conjuntos entre guardaparques y comunarios de Pilón Lajas. También colaboró en el automonitoreo de la cacería en Asunción del Quiquibey , identificándose 28 especies cazadas, entre ellas el tropero (Tayassu pecari), taitetú (Pecari tajacu), marimono (Ateles chamek), tejón (Nasua nasua), peta de tierra (Chelonoidis carbonaria), manechi (Alouatta sara), mutún (Mitu tuberosum) y anta (Tapirus terrestris), y en la realización de campañas de monitoreo de enfermedades en animales domésticos y silvestres en las comunidades de Asunción del Quiquibey y San Luis Chico.
Los esfuerzos desarrollados por el CRTM en la conservación de la biodiversidad y en el desarrollo sostenible de la RBTCO Pilón Lajas, fueron reconocidos a nivel internacional con la entrega del Premio Ecuatorial (Equator Prize 2010). El 20 de septiembre de 2010, en el Museo de Historia Natural de Nueva York, el Presidente del CRTM, Clemente Caimani, recibió este premio en representación de su organización, así como el premio al Reconocimiento Especial por el Uso Aplicado de Conocimientos Indígenas.