El ecoturismo es una de las actividades que mejor consigue combinar las estrategias de conservación y las de desarrollo. Esto sólo es posible si esta actividad se encuentra adecuadamente regulada y es promovida como parte de procesos de gestión territorial. Por su belleza escénica, diversidad biológica, buen estado de conservación y valor cultural, las áreas protegidas y los territorios indígenas del norte de La Paz son destinos turísticos de importancia nacional. Los planes de gestión territorial de estas unidades de manejo identifican al ecoturismo como una alternativa económica real, planteando el desarrollo de programas específicos.
WCS ha colaborado con las áreas protegidas, los territorios indígenas y municipios del norte de La Paz en el diseño, ejecución y monitoreo de actividades de turismo, buscando articular estos esfuerzos entre sí y fortalecer la oferta turística de la región. Se dio apoyo al SERNAP en el diseño y ejecución del programa de turismo del Parque Nacional Madidi, a través de la identificación de valores turísticos, la capacitación de actores locales, la elaboración del reglamento de turismo del área (el primero de un área protegida en Bolivia) y su monitoreo, contribuyendo al mejoramiento de los servicios turísticos en la zona del río Tuichi.
Por otra parte, WCS cooperó con el Consejo Indígena del Pueblo Tacana (CIPTA) en la elaboración de una estrategia de ecoturismo, el desarrollo de infraestructura, la zonificación y el monitoreo integral de la fauna en las áreas de turismo, el fortalecimiento organizativo y la capacitación de guías de San Miguel del Bala y Villa Alcira, dos emprendimientos comunitarios que ofrecen servicios de transporte, alojamiento, alimentación, guías especializados y senderos de interpretación natural y cultural. El sistema de monitoreo de ambos emprendimientos permite evaluar la capacidad de carga de los senderos de interpretación, brindando al mismo tiempo oportunidades a los visitantes para que puedan observar y registrar la fauna silvestre en una planilla diseñada para el efecto. Entre 2009 y 2013, se obtuvieron 3.611 registros (por avistamientos y señas) de 28 especies de mamíferos medianos y grandes en los senderos de interpretación de la Asociación de San Miguel del Bala, principalmente del jaguar, el chancho de tropa, el tapir o anta y varios monos (marimono, manechi, leoncito). En las áreas de turismo de la Asociación de Turismo Comunitario Canopy Villa Alcira se consiguieron, entre 2012 y 2013, 641 registros de 29 especies de reptiles, aves y mamíferos, destacando el leoncito, el silbador, la pava campanilla, la pava huracachi y la paraba roja.
También se dio apoyo a la Asociación de Turismo Indígena Mapajo, de la comunidad de Asunción del Quiquibey, en el área de Pilón Lajas, en la construcción de una pasarela en la senda “Las Parabas” y en la obtención de la licencia ambiental correspondiente.
Entre 2010 y 2013, WCS colaboró con el Gobierno Municipal de Ixiamas en el fortalecimiento de su Unidad Municipal de Turismo, a través de la formulación del Plan Estratégico para el Desarrollo Turístico del Municipio de Ixiamas y la preparación de proyectos de turismo comunitario y materiales de difusión y promoción del turismo en Ixiamas. Se trabajó asimismo en la elaboración del Plan de Manejo del Área Protegida Municipal de Ixiamas, que fue creada en 2006 en el límite norte del PNANMI Madidi, con una superficie de 54.000 hectáreas. El plan incluye la identificación y zonificación de las áreas prioritarias para el desarrollo del turismo.
Desde 2013, la institución se encuentra ejecutando, junto con el Programa Nacional de Biocultura, el proyecto “Potenciar la Ruta Turística Pacha Trek-Charazani-Curva-Pelechuco-Apolo para Contribuir al Vivir Bien”, con la finalidad de mejorar los ingresos familiares, afianzar la cultura y conservar los ecosistemas. Se está trabajando con siete comunidades del área protegida de Apolobamba (Cañisaya, Lagunillas, Chari, Chacarapi, Caluyo, Qotapampa y Agua Blanca) y Vaquería, comunidad ubicada en la zona de influencia del área de Madidi, en el mejoramiento de la infraestructura y equipamiento de albergues, el acondicionamiento de senderos de interpretación, la recuperación y transmisión de saberes tradicionales, la restauración de terrazas prehispánicas con fines demostrativos y el desarrollo de capacidades para la gestión del turismo.