Los problemas de conflictos entre animales silvestres y actividades humanas tienen una gran relevancia para la conservación de la fauna silvestre, particularmente en las áreas protegidas. Estos conflictos están relacionados con los daños a los cultivos y la depredación del ganado que involucra a varias especies, algunas de ellas en situación de amenaza, como el cóndor, el oso andino, el zorro andino y el quirquincho. Con la finalidad de contribuir al estudio de las características de estos conflictos y desarrollar métodos dirigidos a su manejo, WCS colaboró con la Dirección Nacional de Áreas Protegidas de Bolivia (SERNAP) en el desarrollo de investigaciones, la identificación de métodos de mitigación de estos conflictos y la realización de talleres de análisis.
La primera actividad se llevó a cabo entre 2001 y 2003 y se dirigió a evaluar los daños causados por vertebrados en maizales de las comunidades de Paján, K´apna y Wayrapata, en el Área Natural de Manejo Integrado Apolobamba, involucrando a los productores en el proceso de investigación y mitigación de daños. Esta actividad se vio reforzada con el apoyo a la elaboración de una tesis de grado sobre este tema y mediante un conteo total de los daños causados por los animales. Los resultados permitieron calcular el porcentaje de pérdidas causados en cada parcela por los animales silvestres (jucumari, zorrino, roedores y loros), así como identificar medidas de mitigación (organización comunal para el cuidado de los maizales, deshierbe de los bordes de las parcelas, ahuyentamiento sonoro). Estas medidas contribuyeron a la reducción de la pérdida de cultivos de 6,1% a un 1,5%, en la comunidad de Paján; de 29,4% a un 2,7%, en K´apna; y de 16,7% a un 3,5%, en Wayrapata.
Por otra parte, entre 2005 y 2008, WCS brindó asistencia técnica a varias comunidades establecidas en el área de Apolobamba con la evaluación de las principales causas de pérdidas de ganado (alpacas, llamas y ovejas), distinguiéndose entre eventos de depredación por animales silvestres, como el zorro, el puma, el oso andino y el cóndor, y pérdidas por enfermedades. Este trabajo se desarrolló en coordinación con los guardaparques del área y 279 familias de las comunidades de Medallani, Cañahuma, Caalaya, Curva y Lagunillas, en el municipio de Curva, y Puyo Puyo y Nube Pampa, en el municipio de Pelechuco. Los trabajos realizados permitieron constatar que los problemas de depredación del ganado son en varios casos el resultado de los cambios operados en las prácticas culturales de la cría de ganado. Se comprobó asimismo que, contrariamente a lo que se creía hasta entonces, los eventos de depredación producen mucho menos pérdidas que las enfermedades en el ganado.
A fin de reducir las pérdidas de ganado por depredación, se adoptaron medidas basadas en las prácticas tradicionales recuperadas en talleres participativos. Las medidas se dirigieron al mejoramiento de corrales (implementación y mejora de murallas, malla y alambre), ahuyentamiento sonoro (empleo de petardos para uso pastoril y chakus), ahuyentamiento visual (uso de chalecos de tela roja), establecimiento de refugios para el control nocturno en carpas y otros. Según los registros de mitigación de eventos de depredación, el mejoramiento de corrales se constituyó en la medida más efectiva, seguida por los chakus (o arreos de animales silvestres). Estas actividades permitieron reducir la pérdida de animales de 4,1 cabezas por familia, en 2005, a 1,4 cabezas, en 2008. De igual manera, el monitoreo de enfermedades en el ganado, la capacitación de promotores veterinarios y comunarios en el uso de medidas preventivas y la atención oportuna de los animales enfermos, dieron como resultado la disminución de pérdidas por enfermedades de 10,4 cabezas por familia, en 2004, a 2,4 cabezas, en 2007.