El área protegida de Madidi fue creada en 1995, con una extensión de 1.895.750 ha; está conformada por tres zonas de manejo: las zonas noroeste y sudeste se encuentran bajo la categoría de parque nacional y la zona central bajo la categoría de área natural de manejo integrado (ANMI). En su interior se encuentran establecidas 31 comunidades indígenas y campesinas, con una población de 3.714 habitantes. Con el área de Madidi se superponen parcial o totalmente con 4 tierras comunitarias de origen: íntegramente la TCO San José de Uchupiamonas y parcialmente las TCO Tacana I, Lecos de Apolo y Lecos de Larecaja.
Madidi es una de las áreas protegidas más importantes de Bolivia y del mundo por su extraordinaria riqueza biológica, que se expresa en la diversidad de ecosistemas y de especies de flora y fauna. Contiene 12 grandes formaciones vegetales, el mejor ejemplo de sabanas prístinas y los bosques montanos más extensos y mejor conservados de Bolivia. Hasta el momento se han identificado en el área 193 familias y 8.244 especies de plantas vasculares, lo que representa alrededor del 60% de la flora boliviana. De estas especies, 110 son nuevas para Bolivia y 93 endémicas. Madidi alberga asimismo una diversidad de animales, confirmándose la presencia de 1.466 especies de vertebrados. Se estima que, en la medida en que aumente la información científica sobre la región, el número de vertebrados podría superar las 2000 especies.
El área de Madidi protege especies endémicas, con grandes requerimientos espaciales y que se encuentran en situación de amenaza, como es el caso del cóndor (Vultur gryphus), la vicuña (Vicugna vicugna), el oso andino (Tremarctos ornatus), la paraba militar (Ara militaris), la palkachupa (Phibalura boliviana), el mono rocillo (Lagothrix cf. cana tschudii), el chancho de tropa (Tayassu pecari), el marimono (Ateles chamek), el jaguar (Panthera onca), la londra (Pteronura brasiliensis), el perrito de monte (Speothos venaticus), el venado de los pantanos (Blastocerus dichotomus) y el lobo de crin o borochi (Chrysocyon brachyurus).